Molekylär karaktärisering av TBE virus

En av de allvarligaste fästingburna sjukdomarna är TBE (Tick-borne encephalitis), en virussjukdom som saknar specifik behandling och som kan leda till svår encefalit med livslånga kvarstående men, såsom förlamningar och kognitiva funktionsnedsättningar. Sedan 1990-talet har både antalet rapporterade fall och de endemiska områdena ökat kraftigt i Sverige och övriga Europa, och i dag rapporteras cirka 500 TBE-fall årligen i Sverige. Trots detta är den molekylära och epidemiologiska kunskapen om cirkulerande TBE-virus fortfarande begränsad, särskilt baserat på kliniska patientprover.

I Örebro har vi precis delvis lyckats sekvensera TBE-virus från ett kliniskt patientprov. Detta projekt syftar till att bygga vidare på detta arbete genom att utföra helgenomsekvensering av viruset. Den framtagna helgenomsekvensen kommer att användas som utgångspunkt för en jämförande analys med tidigare sekvenserade TBE-virus av europeisk subtyp som finns tillgängliga i GenBank. Genom fylogenetiska och bioinformatiska analyser av dessa sekvenser avses projektet belysa den genetiska variationen, evolutionen och spridningsmönster hos TBE-virus.

Projektet omfattar både en laborativ del, inklusive RNA-extraktion, biblioteksberedning och helgenomsekvensering, samt en epidemiologisk och bioinformatisk del med analys av genetiska data i relation till geografisk och tidsmässig spridning. Fördelningen mellan dessa delar kan anpassas beroende på intresse och bakgrund. Projektet förväntas bidra med ny kunskap om TBE-virusets genetiska egenskaper och kan på sikt vara av betydelse för förbättrad molekylär övervakning och smittskyddsarbete.

Handledare: Anita koskela von Sydow

E-post: anita.koskela-von-sydow@regionorebrolan.se

Etiktillstånd: 23RS8376-1

Termin 6

Typ av arbete: Laborativt, Modellering (AI - bioinformatik - sytembiologi)

Geografiskt område: Örebro