Molekylär epidemiologi för fästing-buren encefalitvirus (TBE)

Fästing-buren encefalitviruset (TBEV) är en humant patogen som orsakar allvarlig encefalit över stora delar av Europa och Asien. Tre genetiskt urskiljbara TBEV subtyper har identifierats vilka är uppkallade efter deras geografiska utbredning (västeuropeisk-, ”Far Eastern-” och Sibirisk-TBEV). TBEV har under en längre tid setts öka i Skandinavien vilket understryker vikten av att karakterisera nya sekvenser i lokala områden (foci).

Vi har sekvenserat och karakteriserat flera skandinaviska TBEV stammar med flera olika bioinformatiska metoder. Västeuropeiska TBEV varianter har kunnat urskiljas fram för allt baserat på skillnader i den 3'-icke-kodande regionen (NCR). Vi har nyligen identifierat flera olika virus former ”quasispecies” i en enskild blod-matat fästing och spekulerar att en ombildning av virala varianter inom ”quasispecies poolen” uppstår när viruset växlar mellan ryggradslösa och ryggradsdjur miljöer. För att vidare studera variationen inom 3'-NCR och olika ”quasispecies” har vi utvecklat och använder infektiösa kloner av vår Svenska modell virus stam för TBEV, Torö 2003.

Projektet är en del i ScandTick Innovation.

Publikationer

Asghar N., Lindblom P.,Melik W., Lindqvist R.,Haglund M.,Forsberg P., Överby A.,Andreassen Å,Lindgren P—E.,and Johansson M., Tick-borne encephalitis virus sequenced directly from questing and blood-feeding ticks reveals quasispecies variance, 2014, PLoS One, in press

Bertrand, Y., Töpel M., Elväng A., Melik, W. and Johansson M First Dating of a Recombination Event in Mammalian Tick-borne Flaviviruses. 2012 PLoS ONE7(2): e31981. doi:10.1371/journal.pone.0031981

Elväng, A., Melik, W., Bertrand, Y., Lönn, M. and Johansson M. Sequencing of a Tick-borne encephalitis virus from Ixodes ricinus reveals a thermo sensitive RNA switch significant for virus propagation in ectothermic arthropods. Vector- borne and zoonotic diseases 2011 Vector-borne and Zoonotic diseases 649-658

Melik W., Nilsson A. and Johansson M. Detection strategies of tick-borne encephalitis virus in Swedish Ixodes ricinus reveal evolutionary characteristics of emerging tick-borne flaviviruses. Archives of Virology(2007) 152; 1027-1034

Läs mer om Developvaccines@oru